Алтайский язык имеет генетические связи с древнеогузским, древнеуйгурским и древнекиргизским языками. Ученые объединяют эти древние языки в единый древнетюркский язык, так как они имели между собой небольшие диалектные различия. Черты сходства современного алтайского языка с древними тюркскими языками проявляются в грамматическом строе и лексике. В алтайском языке сохранились многие черты, свойственные общетюркской этнокультурной общности, а именно лексика, связанная с окружающим миром (названия частей тела человека, термины животноводства, названия продуктов, жилища, одежды и др.).

Современный алтайский литературный язык базируется на южном диалекте, на котором говорит большинство алтайцев. К северным относятся диалекты туба, челканцев и кумандинцев. Если язык южных алтайцев, сохраняя древнюю киргизскую основу, подвергся позже кыпчакскому влиянию, то в северных диалектах сохранилось больше черт древнетюркских языков.

Алтайский язык по своим классификационным признакам относится к киргизо-кыпчакской группе, северные диалекты к хакасской подгруппе уйгуро-огузской группы восточной ветви тюркских языков. В языке тубинцев, кумандинцев и челканцев прослеживаются исторические связи и с древними самодийскими и кетоязычными племенами, подвергшимися тюркизации в древнетюркскую эпоху. Таким образом, северо-алтайские этнические образования сформировались в результате ассимиляции древними тюрками предшествующего нетюркского населения угро-самодийского типа.