с.Актел, с.Камай, с.Барагаш, с.Беш-Озёк, с.Верх-Апшуяхта, с.Дъектиек, с.Арбайта, с.Кумалыр, с.Топучая, с.Ильинка, с.Мариинск, с.Камлак, с.Каспа, с.Малая Черга, с.Верх-Черга, с.Улусчерга, с.Кукуя, с.Могута, с.Мухор-Черга, с.Черга, с.Барлак, с.Шебалино, с.Мыюта, с.Шыргайту
В первой половине XIX в. на территории современного Шебалинского района расселились первые русские переселенцы. Были основаны первые села – Шебалино, Актел, Верх-Кукуя, Ильинское, Камай, Камлак, Малая Черга, Могута и другие. Развивалась торговля, сельское хозяйство, промыслы. Во второй половине XIX в. появляются первые школы, основанные Алтайской духовной миссией – в Ильинке (1873 г.), Шебалино (1889 г.), Мыюте (1856 г.), Мариинском (1887 г.), Камлаке (1894 г.), Барагаше (1885 г.), Черге (1893 г.). В начале XX в. на территории Шебалинской волости было открыто одно из первых почтовых отделений, а в районе с. Шебалино началось строительство одного из участков Чуйского тракта. После революции 1917 г. жители с. Шебалино одними из первых перешли на сторону советской власти.
В конце 1917 г. в с. Шебалино был создан совет крестьянских и солдатских депутатов, который возглавил большевик В.И.Плетнев. В конце февраля 1918 г. оформился Шебалинский волостной совет крестьянских и рабочих депутатов. В декабре 1919 г. после ликвидации Каракорумского уезда, Горный Алтай вернулся в состав Бийского уезда Алтайской губернии. Для управления регионом было создано три революционных комитета, в том числе в с. Шебалино. 14 января 1920 г. был создан Онгудай-Шебалинский районный революционный комитет с центром в с. Шебалино. В апреле 1920 г. он был ликвидирован, а его функции переданы Горно-Алтайскому районному революционному комитету. В 1920 г. в с. Шебалино был организован штаб 15-го участка Бийской уездной советской рабоче-крестьянской милиции, врачебный участок, глазная лечебница. Первыми врачами были С. И. Стражевич, Атюнова, Зонов, И. А. Шпилькин. 20 марта 1920 г. Шебалинский ревком вошел в состав Горно-Алтайского ревкома.
На основании предписания Алтайского губернского революционного комитета от 17 июня 1920 г. 12 июля 1920 г. произошло разделение Горно-Алтайского уезда на временные районы. В их числе был создан Шебалинский район с Онгудайской, Туэктинской, Шебалинской, Чергинской, Песчаной и Новодмитриевской волостями с центром в с. Шебалино. 4 мая 1923 г. произошло укрупнение волостей, в Шебалинскую волость вошли Шебалинская, Чергинская, Песчанская волости. В волости работало 20 сельсоветов, проживало 10839 человек, в том числе 35 % алтайского населения. В январе 1923 г. в с. Черга был образован Чергинский конный завод, в 1927 г. переведенный в с. Улалу. В Песчанской волости 25 апреля 1923 г. образовано Кулгинское коневодное товарищество.
16 сентября 1924 г. на заседании Ойротского облисполкома укрупненные волости были переименованы в аймаки. В 1925 г. в аймаке была образована Бертинская трудовая пчеловодо-скотоводческая и земледельческая коммуна «Призыв», в семи верстах от Шебалино организован маральник.
В 1920-1930-е гг. в аймаке действовали мелкие кустарные предприятия, такие как маслосыродельные, бондарные, кожевенные, сапоговаляльные, основанные на ручном труде. По данным переписи населения 1926 г. в аймаке значилось 84 населенных пункта, из них: 8 сел, 4 деревни, 11 поселков, 43 урочища, 13 заимок, 1 выселок. В них было 2529 крестьянских хозяйств, проживало 12019 человек, из них мужчин 5806, женщин 6213. На территории аймака находилось 12 сельсоветов, 14 школ и два лечебных учреждения – Шебалинский врачебный участок и глазная лечебница.
В 1930-е гг. как и по всей области, в аймаке началась коллективизация, было организовано более 40 сельскохозяйственных артелей, коммун и товариществ. Благодаря большому поголовью коней в 1932 г. в с. Шебалино была организована контора «Сибконь», а в 1933 г. созданы контора «Заготконь» и Шебалинское конеyправление, которое затем было переведено в г. Ойрот-Тура.
В 1935 г. в с. Черга был открыт овчино-шубный и кожевенный завод. Развивалась потребительская кооперация. В годы Великой Отечественной войны из Шебалинского района шло на фронт более 3 тыс. человек, из них 90 женщин. Погибло 1913 человек, в том числе пропало без вести 925 и 11 женщин. Двух героев Советского Союза дала Родине Шебалинская земля - это Сергей Венидиктович Налимов и Николай Дмитриевич Федоров. С. В. Налимов после войны работал председателем колхоза «Путь Ленина», умер в 1976 г., похоронен в с. Шебалино. Н. Д. Федоров погиб, защищая Крым. К звезде Героя Социалистического труда представлен Алексей Евгеньевич Попов за героический труд в годы войны. В эти суровые годы труженикам тыла, всем жителям аймака помогала, воодушевляла на трудовые подвиги районная газета «Сталинец».
В первые послевоенные годы, как и вся страна, район начал восстанавливаться. В 1951-1958 гг. на его территории функционировали: пищекомбинат, пpомартель «Красная алтайка», кирпичный завод, 2 машинно-тракторные станции, 12 колхозов, 1 оленесовхоз, 1 рабкооп, 2 сельпо, 11 сельских Советов, 36 начальных школ (1 средняя, 6 семилетних), детский дом, 2 детских садика,8 изб-читален, 5 библиотек, 5 киноустановок, 1 сельская амбулатория, врачебный здравпункт, санэпидстанция. В 1956 г. в с. Шебалино был организован леспромхоз. В 1957 г. на базе промартелей «Красная алтайка» и «Стахановец» был организован Шебалинский райпромкомбинат. В 1960 г. райпищепромкомбинат был реорганизован в Шебалинский винкомбинат. На базе Шебалинского райпромкомбината некоторое время функционировал Камлакский мебельный цех, который в январе 1963 г. был передан Манжерокской мебельной фабрике.
1 февраля 1963 г. Шебалинский аймак был упразднен, а его территория вошла в состав Онгудайского района. 4 марта 1964 г. путем выделения из Онгудайского района был образован Шебалинский район. В 1979 г. на базе совхоза «Чергинский» было создано Алтайское экспериментальное хозяйство Сибирского отделения Академии наук, ставшее первым в стране банком генов животных.
13 января 2005 г. Муниципальное образование «Шебалинский район» был наделен статусом муниципального района законом Республики Алтай № 10-РЗ «Об образовании муниципальных образований, наделении соответствующим статусом и установлении их границ». Административным центром стало с. Шебалино.
Сегодня Шебалинский район интенсивно развивается. Приоритетными направлениями развития района являются – агропромышленный комплекс, промышленное производство (пищевая промышленность), туризм, энергетика. Ведущими отраслями экономики муниципального образования являются: сельское хозяйство, промышленность, сфера услуг и туризм. Ведущими отраслями промышленности являются пищевая и деревообрабатывающая промышленности. Шебалинский район входит в число лидеров по показателю производства продукции сельского хозяйства среди муниципальных образований в Республике Алтай.
В с. Черга Шебалинского района находится экспериментальное хозяйство Сибирского отделения РАН. Здесь собраны уникальные коллекции растений, являющихся носителями генов адаптации к экстремальным условиям высокогорья, проводятся эксперименты по селекции, созданию и пополнению генофонда диких и домашних животных, как характерных представителей фауны Республики Алтай, так и видов, завезённых из других мест.
Недалеко от Черги расположен единственный за Уралом зубровый питомник, где в естественной среде содержится три с лишним десятка зубров. Это единственное в Евразии генетически чистое стадо зубров - животных, которых в начале XX в. оставалось меньше полусотни на всей планете. Сегодня их численность восстановлена до нескольких тысяч. На территории района расположен памятник природы «Шишкулар-Катаил» - «Чистый Луг», который включает в себя ботанический сад, где произрастает более 500 видов растений, многие из которых относятся к исчезающим и реликтовым видам.
Муниципальное образование Шебалинский район расположен в северо-западной части республики и входит в горно-степную зону, территория - 3794 кв. км. В районе проживают 13,7 тыс.человек в 24 селах, входящих в 13 сельских администраций. Районный центр - село Шебалино - основано в 1833 году и находится в 120 км южнее Горно-Алтайска по Чуйскому тракту.
Район захватывает Семинский, Чергинский и Ануйский хребты и граничит с Чемальским, Онгудайским и Усть-Канским районами и Алтайским краем.
По территории района протекает главная водная артерия Республики - река Катунь. На востоке она является естественной границей между Чемальским и Шебалинским районами.
Растительность представлена сосновыми, лиственничными, кедровыми, пихтовыми и еловыми лесами. Скалистые части гор покрыты зарослями кустарников - рододендрона и акации. Биологические ресурсы - пищевые растения: папоротник-орляк, кедровый орех, ягоды и грибы, более 100 видов лекарственных и медоносных растений. Животный мир района богат и разнообразен. В лесах обитают медведи, белки, барсуки, сурки, кроты, суслики, зайцы, рыси, маралы, лоси, кабарга, косули. Птицы - орлы, глухари, тетерева, дятлы. В реках - хариус, таймень, налим, лещ и другая рыба.
В Шебалинском районе расположены более 20 родниковых источников с целебной водой, имеющей повышенное содержание кальция и магния.
Село Шебалино расположено в 120 км от города Горно-Алтайска, в 210 км от ближайшей железнодорожной станции - города Бийска.
По территории района проходит Чуйский тракт, хорошо развита дорожная сеть с асфальтовым покрытием.